鲜奶杀菌法简单可分2种，一是低温杀菌，一是高温杀菌，各有拥护者。支持低温杀菌的消费者认为，鲜奶不经高温杀菌可以保有更多的营养，支持高温杀菌的消费者认为，鲜奶容易坏，高温杀菌才能确保卫生安全。专家解惑，低温杀菌鲜奶要有极佳乳源，且有层层关卡要照顾，才不致酸败，至于营养成分与高温杀菌鲜奶的差别，大约只有3％的差距。
国内排名第四的乳厂－义美鲜奶，日前因消费者反映鲜奶保鲜期未过就变酸，而被好市多暂时下架。义美总经理高志明在官网发布声明表示，在好市多的产品是采速温杀菌HTST，杀菌温度84度Ｃ±5度，以保留更多的营养，但消费者购买及饮用各阶段，若存放失温，容易发生酸败结块情形。
低温杀菌法首重生乳品质生菌数愈低愈好
国内乳品加工专家台大动物科学技术系教授陈明汝解释，俗称低温杀菌的HTST速温杀菌法，适用于品质良好的乳源，生菌数要愈低愈好，国内生乳生菌数的标准须在10万以下，但准备以低温杀菌方式制成鲜乳的生乳，生菌数要低至1、2万，否则就会有疑虑，因生乳经低温杀菌后还是有生菌残留，包装成盒装或罐装鲜乳，生菌仍会持续成长，长到一定程度，鲜奶就会酸败，因此，除了要有极佳品质的生乳之外，保存期限也不宜画押太长时间，以敦促消费者，尽早喝完。
生菌数要达到极低标准，唯一方法就是透过良好的牧场管理，牧场环境及榨乳设备要干净，乳牛也要健康，一旦乳房发炎，生乳中的生菌数及体细胞数量都会飙升；牧场如何保存生乳等待集乳车收乳，也很重要。
现在也有不少酪农是自产自销，其中也有少部分牧场采用低温杀菌，例如老爹鲜乳，根据消费者实测经验，离开冰箱冷藏后提袋回家，中间大约有半小时时间，鲜奶是处于一般气温下，回家后再进冰箱，并未遇过鲜奶变质的经验。
鲜奶买小瓶比买大瓶好开封后尽早喝光
生乳的另外一种杀菌法则是高温杀菌，即UHT超高温杀菌，温度125～135度C，这是国内乳厂普遍使用的杀菌方式，陈明汝说，以超高温杀菌方式制成的鲜乳，对于生乳的要求标准没那么严格，运送的冷链及保存条件，比较宽松，买完鲜奶后不一定要直接冲回家进冷箱冷藏。台湾夏季温度偏高，比较适合使用高温杀菌产制鲜奶。
冷链是鲜乳保存的重要关键，陈明汝说，鲜奶从工厂到卖场再到消费者购买后，进家里冰箱，保持7度C以下低温，是关键，但如果卖场的冷藏装置为开放式，温度是否起伏，消费者购买时，要多观察、留意，买了以后，就尽早送进冰箱冷藏，冷藏的温度要调低一些，但以不结冰为限。
如果是到好市多买鲜奶，卖场很大，即使最后一个拿鲜奶，等到结完帐，再走到停车场也需要一些时间，陈明汝建议可以使用冰块及保冷袋，将鲜奶维持于低温状态。家里人口少，也不要买大瓶装，建议买不到1公升容量的小瓶装，开了就尽快喝完，否则一大瓶2公升或1加仑装的鲜奶，要喝太久，只会增加酸败风险而已。
2种杀菌法鲜奶营养成分差异不明显
至于营养成分的差异，陈明汝说，经2种杀菌法后鲜奶的营养成分没有明显差别，鲜奶的主要营养成分为蛋白质、钙质，这些不会因为UHT而被破坏，只有维生素A、D，以及B群会因为高温而氧化，但这些维生素并没有被认为是鲜乳的主要营养成分。
